Peale baptistikoguduse asutamist Kärdlas hakati peatselt tegema kuulutustööd ka põhjarannikust kaugemal. Üheks esimeseks koguduseks, mis loodi peale Kärdla kogudust, sai Käina baptistikogudus.
1889. kutsuti Peeter Kaups külastama Käina lähedal Mäeltse külas elavat haiget naist. Suurt jumalateenistust ei saanud seal pidada, kuid mõned naabrid olid kokku tulnud, muu hulgas ka üks noormees nimega Mihkel Silde, kes juba paari aasta jooksul oli otsinud südamerahu.
Selle lühikese visiidi tagajärjel kutsus Mihkel Silde Kaupsi veel hiljemgi Käinasse ja 1889. aasta sügisel algas palvetundide pidamine Sildede pool Käinas Raba talus. Enamasti käisid Käinas vennad Jäägerid Paladelt ja Peeter ning Jüri Kaups Kärdlast. Inimesi käis koos, mõnedki andsid oma elu Jumalale ja 8. juulil 1880 ristis August Johanson Mihkel Silde ja veel lisaks kolm naist Kukka rannas. Siit loetakse Käina koguduse algust.
Esialgsed kooskäimised olid ilma ametliku loata, oli tagakiusu ja koosolekute laialiajamist. Kuna alustati tegutsemist Kärdla koguduse osakonnana, registreeriti Sildede talu ametliku kooskäimise kohana. Lisaks sellele peeti koosolekuid veel Kolga, Moka, Luguse ja Männamaa külades. Peamiseks kuulutajaks oli Peeter Kaupsi vend Jüri. Inimesi tuli jätkuvalt usule, 1896. aasta aprillis ristis Peeter Kaups Luguse jões 28 inimest. 1900 aastaks oli koguduses juba üle 50 inimese ja talutuba jäi kooskäimiseks ilmselgelt kitsaks. Oma palvela ehitamine oli hädavajalik, kuid kogudusel puudus nii maa kui ka raha maja ehitamiseks. Läbirääkimised Käina maaomanikega ei kandnud vilja, kuid lõpuks õnnestus 50 rubla eest osta krunt Mäeltse külas väikese künka peal tollase maantee ääres. Tollase raha väärtust on raske hinnata, on öeldud, et lehma hind oli kusagil 3 rubla kanti. Võttes aluseks kulla hinna oleks see summa võrdne umbes 1500 euroga, mitte väga suur, aga peamiselt naturaalmajandusest elavatele talumeestele aga märkimisväärne summa.
Maa oli ostetud, kuid 1899 aasta lõpuks oli koguduse kassas vaid 9 rubla. Korda aga kui Jüri Kaups kõneles 2. Kuningate 6 alusel sellest, kuidas prohvetijüngritel maja kitsaks jäi ja igaüks läks oma palki tooma uue ehitamiseks, pani kogudus samal päeval kokku 90 rubla suuruse ohvri. Sellele lisaks võeti 250 rubla laenu ning osteti majapalgid. Palkide veole tulid tasuta appi ka külamehed, kellest suurem enamus ei olnud koguduse liikmed. Ühise tööga saadi materjal kohale ja algas maja ehitus. Tagasilöök tuli raha lõppedes, töö jäi seisma. M. Silde, kes ehitamist juhatas, kirjutas murest teistele kogudustele. Abi tuli, muu hulgas tõi näiteks Andres Tetermann isiklikult Rummu ja Tallinna koguduste korjanduse rohkem kui 100 rubla väärtuses. Ka aitasid omalt poolt Kärdla, Haapsalu, Vormsi ja muudki kogudused.
10. septembril 1900 õnnistati maja suure pidulikkusega sisse. Kohal võis olla ligi 300 inimest. Valminud hoone oli üsna lihtne, meenutades pisut Kärdla palvemaja vähendatud varianti. Madala viilkatusega majas oli sisuliselt vaid üks ruum, mille ees väikse tuulekoda. Talutoa kitsikusega harjunuile oli see aga kahtlemata kui kuningakoda.
Kogudusetöö jätkus hoogsalt. 1903. aastal kogudus iseseisvus, peamiseks põhjuseks sai tollase valitsuse poolt seatud piirang, et koguduses tohtis jutlustada vaid registreeritud pastor. Loomulikult ei olnud Peeter Kaupsil võimalik igal pühapäeval Käinasse tulla. Koguduse esimeseks pastoriks sai Juhan Sooster, kes oli ametis üle 30 aasta, kuni 1937. aastani.
1933. aastal oli Baptistikoguduste Liidu aruande kohaselt Käina koguduses 213 täisõiguslikku liiget, lisaks lapsed. Töötas pühepäevakool 5 õpetaja ja ligi 50 lapsega. Lisaks oli kogudusel laulu- ja keelpillikoor 39 lauljaga, dirigendiks Liisa Oja.
1928. aastaks oli ruumivajadus kasvanud ja palvelale ehitati juurdeehitus. Maja ehitati ligi kolmandiku võrra pikemaks. Peasaal jäi sama suureks, lisandus kööginurgaga väike saal, panipaik ning teisele korrusele ka külalistetoad. Sellega valmis hoone sisuliselt praegusel kujul.
1939. aastal külastas Hiiumaa kogudusi tollane Eesti Baptistikoguduste Liidu president Karl Kaups. Tol ajal elas ta Tartus, olles sealse III baptistikoguduse pastor. Ajakirjas „Teekäija“ oma visiiti kajastades kirjutas ta Käina kohta järgmist (kirjaviis muutmata): „Majanduslikult on Käinas edasi jõutud. Palvlal on kaunid kõrvalruumid, kus rändkuulutaja leiab öömaja. Palvla ise on kaunisti remonteeritud, majahoidja eluase palvla õues. Palvla naabruses on kogudusel võrdlemisi hea talu, kus jutlustaja leiab ülalpidamist.“
Väärib mainimist, et 1930. aastal alustas Käina baptistikoguduse juures tegevust oma raamatukogu. Väga levinud see tol ajal polnud. Esimene raamat on nimestikku sisse kantud 1930. aastal, 1940. aastaks oli raamatukogus 226 raamatut. Lisaks raamatutele oli koguduse juures ka ajakirjade lugemislaud, kuhu olid tellitud tollased vaimulikud ajakirjad – Teekäija, Elukevade, Valgus, Evangeeliumi Kristlane. Kogus olid muu hulgas Evald Männi ja Karl Kaupsi raamatud, ka varasemat baptistide kirjandust ja ka teiste konfessioonide poolt välja antud raamatuid. Nõukogude ajal pidi mõistetavalt raamatukogu tegevus lõppema.
Peale Juhan Soosterit teenis kogudust kuni 1958 aastani Robert Särglep. Aastal 1961 valiti pastoriks Meinhard Elmi, kes tegi seda tööd hoole ja armastusega ligi 50 aastat. Tema järel on jätkanud tööd Siim Kask, kes õnnistati ametisse 2012 aastal ja ordineeriti pastoriks 2016.
Palvemaja on säilinud 1928. aasta ümberehituse järgsel kujul, värskendatud on värvkatet ja vanad puupingid vahetatud välja toolide vastu.
Koguduseliikmete arv on kahanenud päris väikeseks, nagu paljudes muudes maakogudustes. Liikmete arvu muutus näitab, et esimene löö oli paljudele kogudustele põgenemine Läände 1944. aastal. Kuid küllalt kiire langus algab 1949. aastast. Küüditamise hirm sundis paljusid eemale jääme, ka lapsi ei juletud nõukogudeaegse ateistliku surve tõttu tihtipeale kogudusse tuua. Lisaks lahkusid kolhooside loomise tõttu paljud inimesed maalt linnadesse.
Kuid me usume, et Jumalal on ka maakohtade jaoks oma plaan ning vanad palvemajad saavad kord jälle inimesi täis. Selleks on Mäeltse palvela heas korras ja inimesi ootamas.