Hiiumaa jagati varasel keskajal kahe kiriku vahel, kusjuures Põhja-Hiiumaa käis Pühalepa kiriku alla, Lõuna-Hiiumaa aga Käina kiriku alla. Peale reformatsiooni säilis sarnane jaotus veel mõnda aega, kuid kuna vahemaad kirikuni olid päris pikad – Emmastest Käinani näiteks ca 20 km, siis mõistetavalt ei olnud ajal, mil liikumine toimus peamiselt jalgsi, igapühapäevane kirikuteekond mõeldav. Nii rajati eri piirkondadesse kabelid – abikirikud, mida õpetaja periooditi külastas.
Emmaste piirkonna varasemad jumalakojad olid minule teadaolevalt Sõru kabel praeguse Sõru sadama kõrval ja Mänspäe kabel, mis on hiljem uuendatud ja millest kirjutame ehk mõni teine kord.
Sõru kabeli täpset rajamisaega ei ole teada, kuid Käina kirikukonvendi protokollides on seda mainitud esmakordselt 1744. aastal. 18. sajandil peeti seal jutlusega jumalateenistust üks kord kuus. Millalgi kabelit uuendati, nii mainib Riho Saard, et 1798 aasta Mellini kaardile on märgitud kaks Sõru kabelit. Kabelit ümbritses ka kalmistu, mis tänaseks on paraku tasandatud. Alles on jäänud vaid üks hauatähis, kabeliaed ise on tähistatud mälestuskiviga.
1864. aasta Käina kirikukonvent võttis eesmärgiks rajada Emmastesse oma kirik ja luua kihelkond, jagades senise Käina kihelkonna kaheks. 1866 aastal rajati Emmaste keskusesse, Emmaste mõisa omaniku Magnus De la Gardie lese poolt kingitud männitukka uue kiriku vundament. Krahvinna kinkis ka ehitusmaterjali ja nii valmis kirik 1867. aasta sügiseks. Kirik pühitseti 24. septembril 1867. Immaanueli kirikuks. Esimeseks õpetajaks sai kirikupatroon Magnus von Stackelbergi poolt Emmastesse kutsutud Ferdinand Justus Luther, kes pandi ametisse samal päeval uue kiriku pühitsemisega.
Kirik ei olnud sellega veel kaugeltki valmis. Ehituslikult on tegemist lihtsakoelise paekivist seintega ühelöövilise, madala torniga maakirikuga. Lage toetavad peenikesed puusambad. Kooriruumi eraldab kirikusaalist kõrge, kuid suhteliselt kitsas võidukaar. Sisustuses vastanduvad ümarkaarsetele akendele ja võidukaarele pseudogootilised teravatipulised ehiselemendid altaril ja oreliprospektil. Kirik mahutab umbes 450 inimest.
1870. aasta alguses läks Emmaste mõis üle krahvinna Brevern De la Gardie kasupojale Pontus Brevern De la Gardiele. Selle puhul kinkis ta kirikule kaks kroonlühtrit. Kolmanda kroonlühtri kinkisid kirikule Emmaste laevaomanikud peale 1894. aastal toimunud kuunari „Lootus“ emaskordset retke üle Atlandi ja tagasi kapten Priidu Onno juhtimisel.
Omajagu sekeldusi oli oreliga. Uue pilli ostmiseks nappis raha. Peterburi Püha Miikaeli kirikust ostetud kasutatud orel lõpetas peale sattumist täiesti teistsugustesse tingimustesse peatselt töö. Käina köster ja oreliehitaja tobias ehitas pilli ümber, lisades sellele veel kaks registrit ning 1881. aastal oli orel taas töökorras.
I Maailmasõja ajal pill rüüstati, selle metallviled läksid kaduma ja see jäi seisma kuni 1937. aastani, mil orelimeister R. Kriisa oreli restaureeris. Arvatakse, et siis lisati pillile ka teine manuaal, Hiljem on orelist remonditud juba Eesti Vabariigi aegadel, üks viimaseid suuremaid remonte toimus aastal 2001orelimeister O. Kentsi poolt.
Emmaste kirikut teeninud õpetajatest väärib kahtlemata märkimist Theodor Bernard Embeck kes ordineeriti pastoriametisse 1892. aastal ja teenis kogudust kuni oma surmani 17.7.1933. Embeck oli esimene eestlasest kirikuõpetaja, kes kuulus muuhulgas ka Eesti Kirjameeste Seltsi. Ta avas pastoraadis väikese lugemispunkti ja näiteks kirjanik ja pastor Evald Mänd on meenutanud, kuidas ta käis Embeckilt raamatuid laenamas.
Embecki ajal sai kogudus ka altarimaali, mille maalis Eestis suhteliselt vähetuntud kunstnik Tõnis Grenzstein, kes tollal õppis Saksamaal.
Embecki töötamise ajasisse jäi Emmaste kihelkonna baptistikoguduste kiire kasv, mil sajad inimesed lahkusid kirikud ja liitusid Baptisti- ja priikogudustega. Mõistetavalt tekitas see pingeid, väliselt jäid suhted baptistidega siiski sõbralikuks. Tolle aja kohta üsna hämmastavaks oikumeeniliseks ürituseks 11. augustil 1929 Evald Männi organiseerimisel peetud Hiiumaa noorte usklike laulujumalateenistus, kus kõnelesid Pühalepa kiriku köster ja vennastekoguduse jutlustaja Jüri Buschberg bibg Karl Kaups, kes tollal oli Tartu Baptistikoguduse karjaseks.
Peale Embeckit on Emmaste kogudust kauem teeninud veel Matt Lillipuu ja Guido Reinvalla.

1943. aastal võtsid 6 kohalikku noormeest ööpimeduses salaja kirikust kella maha ja matnud selle kiriku lähedal maasse, kartes, et värvilise metalli puuduses olev Saksa armees rekvireerib muidu kella. Nende tegu oli nii salajane, et keegi ei teadnudki, mis kellega juhtus ning asjaosalised ise pidasid saladust. Sõjakeerises sattusid mehed erinevatesse riikidesse, osa olid Rootsis, osa vangistatud ja kella ei õnnestunud uuesti välja kaevata. Alles Eesti taasiseseisvumise järel hakati kelle uuesti otsima. Peidukoha kaart oli kadunud, ümbrus muutunud. Alles 1994 aastal lõpul õnnestus Ameerika Rahukorpuse vabatahtlikul Douglas Wellsil rootsieestlaselt Jetter Tüllilt saadud vihjete järgi metalliotsija abiga kell leida. Emmaste kiriku kella lugu
Kella leidmine pälvis laialdast tähelepanu, president Lennart Meri annetas oma ühe kuu palga kella restaureerimiseks, Douglas Wellsi kirjutis kella leidmisest avaldati paljudes maailma ajalehtedes ja sellest sooviti teha isegi film.
Hetkel teenib kogudust õpetaja Hüllo-Kristjan Simson.